MEGAMAN X 2 6 mois se sont écoulés depuis la destruction de Sigma lors de la grande guerre du soulevement des Mavericks. Il y a eu de grosses pertes dans les deux camps. Sigma le chef supreme des Mavericks est eliminé et Zero n'est plus. Suite à la victoire de X sur les forces du chaos, celui ci a été elevé au rang de Maverick Hunter de classe A, tel son ami Zero autrefois. Les Maverick Hunters sont plus nombreux que jamais et l'équilibre semble atteint. Mais bien que l'armée de Sigma ai été vaincue, des combats secouent encore le monde. En effet, certains reploides, toujours fidèles à Sigma malgré sa defaite, poursuivent leur oeuvre de destruction. Guidé par les informations fournies par le Dr Cain, les Maverick Hunters traquent les derniers reploides rebelles jusque dans une usine abandonnée. Certains pensent que le glas des Mavericks est sur le point de sonner, tandis que d'autres, plus sages, ont le desagréable pressentiment que la vraie guerre va seulement commencer. Apres une courte bataille, les rebelles sont vaincus et la zone netoyée. Non loin de la, trois reploides observent la scene. Ils sont admiratifs et à la fois inquiet pas la ce fameux X. L'une des trois silhouette s'impatiente et demande ou en est "la reconstruction". D'apres les deux autres, le plan suit son cours comme prévu et que bientot, les Maverick Hunters ne seront plus que de l'histoire ancienne. Les X-Hunters sont parés. Une grande bataille s'engage, au cours de laquelle X parvient avec beaucoup de difficultées à vaincre les 8 Mavericks responsables de la suite du conflit. Alors que le scenario évolue, on apprend que Agile, Violen et Serges, les X-Hunters, comptaient reconstruire Zero pour le faire combattre à leur cotés. Mais notre vaillant heros a pu defaire les plans machiaveliques des traitres et a confié les morceaux de son ami au Dr Cain, le tout avant de s'attaquer à la forteresse d'ou a été orchestrée l'attaque. Sur place, il decouvre une etrange salle ou est diffusé un hologramme d'un sabre laser ressemblant en tout point à celui qu'utilisait Sigma. Soudain, X se retrouve face à un clone de Zero vétu d'une armure noire. Mais avant meme que le combat ne commence, Zero, le vrai, debarque et detruit son double. Notre charismatique ami possède desormais son sabre laser, le Z-Saber. De nouveaux cotes à cotes, les Mavericks Hunters de classe A se tiennent pres à recevoir leur ultime adversaire : Sigma ! Le chef supreme des Mavericks a été reconstruit par Agile, Violen et Serges. Apres un affrontement apocalyptique, Sigma est vaincu mais revient tres vite sous la forme d'une tete fantomatique encore plus agressive. C'est au prix d'incalculables efforts qu'il rend l'ame enfin. Ces derniers mots s'adressent à Zero : Sigma ne comprend pas son attitude, Zero aide les forces du bien, malgré qu'il soit une création du Docteur........ puis plus rien, Sigma disparait dans une formidable explosion sans avoir pu aller jusqu'au bout de sa phrase enigmatique. Quel est le secret de Zero? Est il réellement ce qu'il semble etre?